宗萨康杰佛学院成立于1871年，位于宗萨寺下方的平原，由伟大的学者及成就者蒋扬钦哲旺波创立。由于佛学院的独特地理环境，蒋扬钦哲旺波和秋吉林巴都预言：如果在此处建立一所佛教大学，将为佛法带来广大利益。在宗萨钦哲确吉罗卓的指导下，佛学院在原有的基础上扩建成为重要的宗教学习中心，护持着藏传佛教各教派传承的研究和修持。

在宗萨康杰佛学院的全盛时期，其范围涵盖了23所寺院及许多隐修处和闭关中心。蒋贡康楚、秋吉林巴和蒋扬钦哲旺波的利美图书馆，典藏了大量的不分教派文献，使僧侣们和所有人都能接触到各个教派的教法。

佛学院在1960年代被毁，但自1986年起，由于班禅喇嘛的遗愿，宗萨佛学院在宗萨钦哲仁波切的赞助下开始重建。新佛学院的基本结构于1989年竣工。

宗萨佛学院现正蓬勃发展。“我们很惊讶，仅仅短短几年，僧众的人数快速增长。”钦哲基金会僧众计划负责人周熙玲说，“从原先的数百人，直到上一次统计共1900人。大约有700人在闭关，1000人就学，以及200人修法中。许多宗萨佛学院的毕业生成为教师，这些僧侣信心坚定地研读佛法，并闭关修持所学。”

当地居民的家庭和社区是佛学院的最主要支柱。除了基本的生活所需补给，钦哲基金会另拨出约所有需求的10%，护持僧侣领导力培训的发展策略计划，帮助他们接轨21世纪，诸如藏文输入系统和电脑课程，协助僧侣们出版和归档佛教文献。

目前佛学院的课程，是由蒋扬钦哲确吉罗卓设计，包括佛教经典如三藏、释论和密续，以及诗学、占星学及医药。许多堪布也扩展他们的研究，探索其他的哲学传统，研读卡尔马克和康德的著作。

僧众们极欲获得学习并实践所学的机会。仁波切希望提供堪布们更多样化的课程，诸如经济学、财政学及社会学。他说，“我注意到很多西藏喇嘛必须接受领导力培训课程。”钦哲基金会现正于宗萨佛学院发展领袖和教育计划。